oleh J. Cameron, diterbitkan oleh Nathaniel Currier. Lithograf cat tangan, 1847. Dipulih secara digital.]]

Kadar lari dari tentera merupakan masalah utama dalam tentera Mexico, mengurangkan kekuatan pasukan dalam awal perang. Kebanyakan tentera merupakan petani yang hanya mempunyai ketaatan kepada kampung dan keluarga mereka sahaja, tetapi tidak kepada Jeneral yang mengerah mereka. Sering kali lapar dan sakit, tidak pernah menerima gaji yang baik, peralatan kurang, hanya separuh terlatih, tentera dilihat hina oleh pegawai mereka dan tidak mempunyai sebab untuk menentang Amerika Syarikat. Mencari peluang, ramai menyelip lari dari kem bagi mencari jalan untuk kembali ke kampung mereka.[43]

Kadar lari dalam Tentera Amerika Syarikat adalah sekitar 8.3% (9,200 dari 111,000), berbanding 12.7% semasa Perang 1812 dan kadar waktu aman biasa sekitar 14.8% setahun.[44] ramai orang lari untuk menyertai unit Amerika Syarikat lain dan mendapatkan bonus kerahan kedua. Sementara sesetangah dari mereka lari disebabkan keadaan teruk di kem, ia telah dicadangkan bahawa yang lain menggunakan tentera bagi mendapatkan pengangkutan percuma ke California, di mana mereka lari untuk menyertai mengejar emas.[45] Bagaimanapun, ini tidak mungkin kerana emas hanya dijumpai di California pada 24 Januari 1848, kurang dari dua minggu sebelum perang tamat. Menjelang masa berita sampai ke timur Amerika Syarikat bahawa emas telah dijumpai, berita mengenai perang telahpun tamat turut tiba.

Kempen Bandar Mexico Scott

Pendaratan dan Pengepungan Vera Cruz

Disebalik mengukuhkan tentera Taylor untuk terus mara, Presiden Polk menghantar tentera kedua di bawah pimpinan Jeneral Winfield Scott, yang diangkut ke pelabuhan Veracruz melalui laut, dan mula penjajahan di tengah-tengah Mexico. Pada 9 Mac 1847, Scott melaksanakan pendaratan afimbia utama pertama dalam sejarah Amerika Syarikat sebagai persediaan bagi Pengepungan Veracruz. Sekumpulan 12,000 sukarelawan dan tentera biasa berjaya menurunkan bekalan, senjata dan kuda berhampiran bandar bertembok dengan menggunakan kapal pendarat direka khusus. Termasuk dalam pasukan penjajah adalah Robert E. Lee, George Meade, Ulysses S. Grant, James Longstreet, dan Thomas "Stonewall" Jackson. Bandar ini dipertahankan oleh Jeneral Mexico Juan Morales bersama 3,400 orang. Motar dan meriam tentera laut di bawah pimpinan Komodore Matthew C. Perry digunakan bagi merobohkan tembok kota dan mengganggu pihak bertahan. Bandar itu cuba membalas dengan artilery yang ia ada. Kesan bedilan yang berpanjangan menjejaskan semangat pihak Mexico untuk berjuang menentang musuh yang lebih besar, dan mereka menyerah bandar tersebut selepas 12 hari kepungan. Tentera Amerika Syarikat mengalami 80 korban, sementara pihak Mexico mengalami 180 terbunuh dan tercedera, dengan separuh dari mereka merupakan orang awam. Semasa pengepungan, pihak Amerika Syarikat mula dijangkiti penyakit demam kuning.

Mara ke Puebla

Scott kemudian mara ke barat ke arah Bandar Mexico dengan 8,500 tentera sehat, sementara Santa Anna mendirikan kedudukan pertahanan di jurang sekitar jalan utama di pertengahan jalan ke Bandar Mexico, berhampiran hamlet Cerro Gordo. Santa Anna telah menggali kubu dengan 12,000 tentera dan artileri yang disasar ke jalan, sepanjang mana dia jangka Scott untuk muncul. Bagaimanapin, Scott telah menghantar 2,600 dragoons berkuda di hadapan dan artileri Mexico menembak terlalu awal pada mereka dan mendedahkan kedudukan mereka. Disebalik menggunakan jalan utama, tentera Scott menurut denai melalui muka bumi kasar ke utara, meletakkan artilerinya di tanah tinggi dan dengan senyap ke sisi Mexico. Sungguhpun menyedari tentang kedudukan tentera Amerika Syarikat, Santa Anna dan tenteranya tidak bersedia bagi serangan ganas yang menurut. Tentera mexico diundurkan. Tentera Amerika Syarikat mengalami 400 korban, sementara phak Mexico mengalami lebih dari 1,000 korban dan 3,000 ditawan. Pada Ogos 1847, Kaptain Kirby Smith, dari Infantri ke-3 Scott, mengimbau mengenai tentangan tentera Mexico:

Betapa bodohnya mereka! Mereka tidak mampu berbuat apa-apa dan kekalahan berterusan mereka sepatutnya meyakinkan mereka. Mereka kalah enam pertempuran besar; kita sudah menawan enam ratus dan lapan meriam, hampir seratus ribu persenjataan, mengambil dua puluh ribu tahanan, menduduki sebahagian besar negara mere4ka dan dengan pantas mara ke arah Ibu Kota mereka yang pasti milik kita,—tetapi mereka enggan berunding![46]

Berhenti di Puebla

Pada May, Scott mara ke Puebla, bandar kedua terbesar di Mexico. Disebabkan penduduknya menentang Santa Anna, bandar tersebut menyerah tanpa menentang pada 1 May. Dalam beberapa bulan berikut Scott mengumpul bekalan dan bantuan sokongan di Puebla dan menghantar pulang unit yang kerahan mereka telahpun tamat. Scott turut membuat usaha yang bersungguh-sungguh bagi mengekalkan tenteranya berdisplin dan melayan penduduk Mexico di bawah pendudukan adil, bagimenghalang kebangkitan popular menentang tenteranya.

Mara ke Bandar Mexico dan penawanannya

Ketika pihak gerila mengganggu garis perhubungannya kembali ke Vera Cruz, Scott memutuskan untuk tidak melemahkan tenteranya bagi mempertahankannya tetapi, meninggalkan hanya satu garison di Puebla bagi melindungi tentera yang cedera dan sakit untuk pulih di situ, dan mara ke Bandar Mexico pada 7 Ogos, dengan baki tenteranya. Ibu negara itu lapang terbuka dengan beberapa siri pertempuran di sekitar rusuk kanan pertahanan bandar, memuncak dengan Pertempuran Chapultepec. Dengan serbuan terhadap pintu masuk kota berikutnya, ibu negeri itu diduduki. Winfield Scott menjadi wira kebangsaan Amerika Syarikat selepas kejayaannya dalam kempen Perang Mexico–Amerika Syarikat, dan kemudiannya menjadi gabenor tentera Bandar Mexico dijajah.

Kempen terakhir Santa Anna

Pada akhir September 1847, Santa Anna melakukan satu cubaan terakhir bagi mengalahkan Amerika Syarikat, dengan menyekat mereka dari pantar. Jeneral Joaquín Rea memulakan Kepungan Puebla, kemudian diikuti oleh Santa Anna, tetapi mereka gagal mengambilnya sebelum ketibaan lajur penyelamat dari Vera Cruz di bawah Brig. Jen. Joseph Lane menyebabkan Santa Anna berundur. Puebla dibebaskan oleh Jen. Lane 12 Oktober 1847, fselepas mengalahkan Santa Anna dalam Pertempuran Huamantla 9 Oktober 1847. Pertempuran tersebut merupakan yang terakhir bagi Santa Anna. Berikutan dengan kekalahan tersebut, kerajaan baru Mexico di bawah pimpinan Manuel de la Peña y Peña meminta Santa Anna menyerahkan pemerintahan tentera kepada Jeneral José Joaquín de Herrera.

Kempen anti gerila

Berikutan dengan penawanan dan pengukuhan keselamatan ibu kota, Jeneral Scott menghantar sekitar suku dari kekuatannya bagi menjaga garisan komunikasinya ke Vera Cruz dari Kor Ringan dan pasukan gerila Mexico yang lain yang telah mengacaunya sejak May. Dia mengukuhkan garison Puebla, dan menjelang November menubuhkan 750 pos kawalan di Perote, Puente Nacional, Rio Frio, dan San Juan sepanjang Jalan Kebangsaan dan menempatkan brigade anti gurila di bawah Brig. Jen. Joseph Lane untuk mendesak perang kepada Kor Ringan dan gerila yang lain. Dia turut memerintahkan bahawa konvoi yang bergerak perlu diiringi dengan sekurang-kurangnya 1,300-orang pengiring. Sungguhpun memenangi beberapa kejayaan terhadap Jeneral Joaquín Rea di Atlixco (18 Oktober 1847) dan Izucar de Matamoros (pada November) oleh Jeneral Lane, serangan gerila ke atas laluan bekalan berterusan pada tahun 1848 sehingga akhir perang.[47]